Это скорее, небольшая памятка для себя, чтобы не забыть.
Итак, заходим в aptitude, выбираем пакет, который не нужно обновлять(в моём случае - это ядро, т.к. стоит самосборное), далее нажимаем кнопочку F и всё, в следующий раз, при safe-upgrade, aptitude "не увидит" обновлений для данного пакета.